أصدر آية الله العظمی السيد علي الخامنئي قائد الثورة‌ الإسلامية نداء عزی فيه بمناسبة رحيل العالم الورع الجليل المرحوم حجة الإسلام و المسلمين الحاج السيد مرتضی نجومي. و فيما يلي ترجمة لنص النداء:
بسم الله الرحمن الرحيم
أقدم تعزياتي بمناسبة رحيل العالم الورع الجليل المرحوم حجة الإسلام و المسلمين الحاج السيد مرتضی نجومي رحمة الله عليه لعموم محبيّه و خصوصاً المجتمع العلمي و الفني و الأهالي الأوفياء في كرمانشاه أرض النقاء و المروءة، و لعائلته الكريمة. لقد كان فقيهاً أخلاقياً و شعبياً و في الوقت نفسه فناناً ضالعاً و شهيراً، و قد بذل طوال سنوات إقامته في كرمانشاه و من موقعه كعالم عامل و مسؤول جهوداً قيمة و مشكورة في خدمة التربية الدينية و الأخلاقية لأهالي تلك المنطقة مضافاً لجهوده خلال فترة الثورة في تحقيق أهداف نظام الجمهورية الإسلامية، و بقي مصراً علی السير في صراط الثورة المستقيم و تحمل المشاق في سبيل ذلك.
فقدانه خسارة لتلك المحافظة و خصوصاً الأوساط العلمية و الفنية فيها نسأل الله تعالی تعويضها. الرحمة و الغفران الألهيان لتلك الروح النقية المخلصة.
السيد علي الخامنئي
27 آبان 1388