إثر الفاجعة الكبيرة التي وقعت يوم الخميس 24/09/2015 م في منى واستشهد فيها عدد كبير من ضيوف الرحمن، أصدر آية الله العظمى السيد علي الخامنئي قائد الثورة الإسلامية بياناً أبدى فيه مواساته للمصابين في هذه الحادثة المحزنة وعزّى ذوي الشهداء، مؤكداً: من واجب الحكومة السعودية أن تتحمل مسؤوليتها الجسيمة في هذه الحادثة المريرة، وأن تعمل بلوازم وقواعد الحق والإنصاف. وأعلن سماحته العزاء العام في البلاد لمدة ثلاثة أيام مضيفاً: الإدارة الخاطئة والخطوات غير المناسبة التي تسببت في هذه الفاجعة يجب هي الأخرى أن لا تغيب عن الأنظار.  

بمناسبة حلول موسم الحج وجه الإمام السيد علي الخامنئي نداءً لكافة مسلمي العالم تناول فيه ما يعانيه العالم الإسلامي من ممارسات حكام السعودية. وأشار الإمام الخامنئي إلى قيام السعودية بالصد عن سبيل الله ومنعها شعوب العالم الإسلامي من الحج وزيارة بيت الله الحرام. كما تناول قائد الثورة الإسلامية في ندائه تعاون الحكومة السعودية مع قوى الإستكبار العالمي والصهيونية بغية البقاء على عروشهم واستمرارهم في سياستهم الطاغية والظالمة.

التقى الإمام السيد علي الخامنئي، بتاريخ 07/09/2016، عائلات شهداء منى والمسجد الحرام وعوائل شهداء مجزرة مكة عام ١٩٨٧. وذكَّر سماحته خلال اللقاء بالأحداث المؤلمة التي جرت العام الفائت وأضاف قائلاً: قلوبنا طافحة بالألم والحزن. لم يمسح مضيُّ الزمن أهمية هذه الحادثة وحزنها عن صدورنا وقلوبنا. نحن حزانى لهذا الحدث، فقد فارق أعزاؤنا الحياة في منى وفي المسجد الحرام وهم في حال عبادة وبأفواه ظامئة.