أصدر سماحة الإمام الخامنئي قائد الثورة‌ الإسلامية في إيران بيان عزاء بمناسبة رحيل المرجع الديني آية الله الشيخ بهجت فيما يلي ترجمة نصه:
بسم الله الرحمن الرحيم
إنا لله و إنا إليه راجعون
اطلعنا ببالغ الحزن و الأسف علی أن العالم الرباني و الفقيه جليل و العارف اليقظ الضمير سماحة آية الله الحج الشيخ محمد تقي بهجت ( قدس الله نفسه الزكية ) قد ودع الدار الفانية و التحق بجوار رحمة الحق. و هذه مصيبة كبيرة و خسارة لا تعوض بالنسبة لي و لجميع محبي هذا الرجل الكبير. ثلم في الإسلام ثلمة لا يسدها شيء.
لقد كان هذا الإنسان الجليل من مراجع التقليد المعاصرين البارزين، و أستاذاً كبيراً في الأخلاق و العرفان، و معيناً لفيوض معنوية لا تنقطع. كان القلب النير النقي لهذا الورع التقي مرآة إلهية جلية صقيلة، و كلامه العاطر دليل أفكار و أعمال السالكين و الصالحين. إنني أتقدم بتعزياتي الحارة لحضرة بقية الله ( أرواحنا فداه )‌ و أعزي حضرات العلماء الأعلام و المراجع العظام و تلامذته و محبيه و المستفيضين من أنفاسه الدافئة و علی الخصوص عائلته الكريمة و نجله العزيز و أرجو من الله تعالی لنفسي و باقي المفجوعين السلوان و لروح هذا الرجل الجليل المطهرة الرحمة و الغفران.
و السلام عليه و رحمه الله
السيد علي الخامنئي
27 ارديبهشت 1388
23 جمادي الأولی 1430