وأكد سماحته على حاجة الدولة الإسلامية للحوزة العلمية "الحكيمة وصاحبة العلم والمرونة والإبداع والتي هي على دراية بحاجات اليوم "بهدف نشر المعارف والأحكام الإسلامية في أبعاد الحياة المختلفة وفي أعماق المجتمع بقوله: "واحد من حاجات الحوزة المهمة في الظروف الراهنة  "إعداد مشروع التطوير" في الحوزة العلمية والتخطيط بعيد المدى، الدقيق والمبرمج زمنياً بناء على هذا المشروع والأهداف المنشودة.

كما أشار السيد الخامنئي إلى ضرورة أن تكون خطط الحوزة العلمية في مختلف المجالات خصوصاً مجالات تدريس وتخريج الطلبة، والمجال التنفيذي وعمل الحكومة، أن تكون هذه الخطط داعمة ومساعدة للتواصل مع الحكومة الإسلامية، وقال سماحته: "الحوزة العلمية هي داعم إقامة الحكم الإسلامي، ولذلك ينبغي على الحوزة العلمية أن تقوم بمساعدة الحكومة الإسلامية -إذا ما قامت بإجراء الحكم الإسلامي بشكل جيد- بكل ما أوتيت من قوة وأن تقوم بتنبيهها إذا ما أخطأت.
واعتبر قائد الثورة الإسلامية "البرنامج بعيد المدى" أمراً في غاية الضرورة بالنسبة للحوزة العلمية وأضاف بقوله: "في هذا البرنامج يجب أن تكون الأهداف محددة وقابلة للتنفيذ ولها جدول زمني محدد بشكل يجعل من هذا البرنامج برنامجاً مرناً وقابلاً للتقييم الكمي"

وضمن إشارته إلى وجوب أن يكون برنامج الحوزة بعيد المدى مبنياً على "مشروع تطوير الحوزة" أوضح السيد الخامنئي: "يجب أن يتم تشكيل مركز للأبحاث الاستراتيجية مؤلف من النخب وأعلام الحوزة وأن يتم وضع برنامج التطوير وبقية برامج الحوزة الاستراتيجية ضمن قائمة أعمال هذا المركز"

وفي نهاية كلمته وجه الإمام الخامنئي بعضاً من التوصيات للحاضرين وقال: من الأمور التي ينبغي على الحوزات العلمية أن تولي لها أهمية خاصة: اجتناب البيروقراطية الشبيهة ببيروقراطيات الحكومات، تنظيم الإجتماعات التي تجمع مديري الحوزة مع الطلبة، إيجاد جو الأنس بالقرآن الكريم بين الطلبة، الكشف عن المواهب الأفضل، ترويج المطالعة في مجالات تطور علوم الحوزة والتفسير على وجه الخصوص، تدريب وتأهيل المبلغين صاحبي القلم والخطباء والمبلغين في الفضاء الافتراضي.

تخلل الاجتماع تقرير قدَّمه آية الله أستادي الأمين العام لمجلس الشورى الأعلى للحوزات العلمية عن برامج ونشاطات مجلس الشورى والمشكلات التي يواجهها، كما وضَّح حجة الإسلام والمسلمين أعرافي مدير الحوزات العلمية في كلمة له أهم الأعمال المنجزة في مختلف أقسام الحوزات العلمية خلال السنوات القليلة الماضية.