لم تكن قد انقضت فترة طويلة على عودته إلى مشهد، حتّى بدأت السيدة خديجة بالبحث لابنها الثاني عن عروس واقترحت عليه فتاة تربّت في عائلة تقليدية وضمن أجواء متديّنة. بعدها أقدمت والدته وجهّزت لمقدمات مراسم الطلبة. قطعت نفس المراحل التي كانت قطعتها منذ أربعة أو خمسة أعوام، لكنّها قطعتها هذه المرّة لأجل السيّد علي.
والد العروس الحاج  إسماعيل خجسته باقرزاده، كان من أصحاب المحلات في مشهد المثقفين والمتدينين. وافق على أن يتم عقد قران ابنته على طالب علم حديث عائد من قم ينوي العيش في مدينة مشهد، كان آية الله ميلاني وسائر كبار أهل العلم في مشهد يعرفونه ويكنّون له مشاعر الودّ والثقة والاحترام.
تمّ تأمين تكاليف الزّواج، القسم الذي كان مقرّراً أن يكون على عاتق العريس، بواسطة آية الله الحاج السيد جواد الخامنئي ولم يكن مبلغاً كبيراً.  تكاليف مراسم عقد القران تقرر أن تكون بعهدة عائلة العروس. في بدايات خريف العام ١٩٦٤ عقد السيّد علي الخامنئي قرانه على السيّدة خجسته. عقد قرانهما آية الله ميلاني.

منذ ذلك الحين، دخلت حياة الإمام الخامنئي زوجة ورفيقة عمر كان عمرها يناهز الستة عشر ربيعاً ورافقته وساندته في كافة مراحل حياته السياسية الصعبة ورافقته في أيام الرخاء المعدودة. تمّ تأمين بطاقات الدعوة والاتفاق على يوم العرس الذي كان من المقرر اقامته في منزل والد العروس. تلك الليلة كان الإمام الخامنئي واقفا على بوابة المنزل يستقبل الضيوف. تمّ إجراء المراسم كما كانت عادة العوائل الملتزمة والمتديّنة في تلك المرحلة.

بعد انتهاء مراسم عقد القران وقبل العيش في منزل واحد، تعلم عروس العائلة الجديدة أنّ رفيق دربها ذا الأعوام الخمسة والعشرين مشارك في ساحات النضال والكفاح. "لعلّها كانت أيام أو أسابيع خطبتنا الأولى عندما طرحت القضايا السياسية المتعلقة بي عليها... لعلها كانت تعلم مسبقاً أنني مشارك في هذه القضايا السياسية، لكنّها كانت تنظر إلي كطالب علم يحبّه الأساتذة وكبار العلماء."